隨著酶的各種應用形式的發展，酶生物反應器也在發展，除了幾種基本形式外，新的酶生物反應器正在開發，酶-膜反應器也在逐漸推廣應用。值得注意的是，建立酶反應器是指建立由酶和一定的反應器裝置構成的催化應用體系，其中包括催化反應的條件控制。但酶生物反應器同時還可以有更廣泛的含義。


在某些情況下，人們往往將酶生物反應器和生物反應器、酶工程或生物工程等概念等同起來考慮。酶工程主要包括三個主要的組成部分：酶的生產、制備和應用，而反應器主要在酶的應用過程中發揮作用，同時還在酶工程中占有中心地位。反應器不僅聯系著底物和產物，也聯系著酶和產物，還反映出酶工程的水平，并隨著酶工程的發展而發展。


酶生物反應器不僅在工農業生產中進行應用，而且可以在分析醫藥領域中進行應用。
酶生物反應器在分析上可以發揮兩個方面的作用：
● 將固定化酶反應器用于酶法分析，主要是在酶電極、酶柱及酶標免疫分析中的應用。
● 酶自動分析體系的建立。
 
酶生物反應器在醫藥領域也有兩個方面的應用：
● 藥物酶的固定化與改造，從而克服免疫，延長藥物的半衰期并增大療效。
● “人工臟器”的建立。例如，中空纖維膜式反應器在人工肝臟中的應用，具有起到免疫屏障、允許管內外進行物質交換、可與其他技術如微載體技術一起應用獲得高密度、高功能分化的肝細胞生物反應器的優點。